בחירת המפריד המגנטי המתאים דורשת התחשבות במספר גורמים, כולל תכונות החומר, יכולת העיבוד, דיוק ההפרדה וסביבת ההפעלה. לדוגמה, עבור חומרים מגנטיים עדינים-, יש לבחור מפריד מגנטי בעל חוזק שדה מגנטי גבוה ושיפוע גדול; עבור יישומים עם נפחי עיבוד גדולים, יש לבחור מבנה קומפקטי ויכולת עיבוד גבוהה.
תחזוקה של המפריד המגנטי חשובה לא פחות. ניקוי קבוע של פסולת ואבק בתוך המפריד, בדיקת חוזק ואחידות השדה המגנטי והחלפה מיידית של חלקים בלויים הם כל המפתח להבטחת פעולה יציבה לטווח ארוך של המפריד המגנטי.
